环境微生物团队已与澳大利亚、新西兰、韩国、乌克兰等国家的科研院所、大学建立了长期稳定的合作关系，具体情况分述如下:
1．与澳大利亚的合作
与澳大利亚阿德莱德大学合作主要进行土壤微生物群落和植物-微生物互作研究，近5年中心共承担各类国际合作项目9 项，总经费508 万元。承担其他项目27 项，总经费954 万元。合作建设了中澳土壤健康与生态修复联合实验室，双方每年各自投入10万澳元（中方对等人民币）的资金支持实验室科研和运行，目前已运行近2年，取得了较好的效果。
2．与韩国合作
与韩国朝鲜大学合作重点开展磁性病毒样纳米颗粒清除废水重金属污染物技术研究。已承担山东省重点研发计划（国际合作）项目和山东省科学院国际合作项目各1项，总经费140万元。
3．与乌克兰合作
与乌克兰国家科学院微生物与病毒研究所签署合作协议，共同开展微生物菌株及其制剂的引进以及微生物菌剂在中国的田间药效试验。
4．与新西兰合作
与新西兰林肯大学科技有限公司合作，主要进行木霉菌与内生根瘤菌联合研究的合作，以及联合培养研究生等工作。
5．与乌兹别克斯坦合作
与乌兹别克斯坦国家科学院微生物研究所，塔什干化工研究院开展重点聚焦在生态菌剂、环境污染物降解等微生物菌剂的研究与合作开发工作方面。
6．与格鲁吉亚合作
与格鲁吉亚国家科学院开展重点聚焦在耐盐微生物菌剂和抗逆境微生物菌剂的研究与合作开发工作方面。
中澳土壤健康与生态修复联合实验室揭牌仪式
乌克兰国家科学院微生物与病毒研究所访问生态所
与新西兰专家进行学术讨论
外国专家进行指导
